Žymus Vilniaus vargonų meistras Mikalojus Jansonas 1764-1765 m. pastatė naujus vargonus Linkuvos Švč. Mergelės Marijos Škaplierinės bažnyčioje, naudodamas anksčiau bažnyčioje stovėjusio instrumento dalis. 1772 m. stalius Adomas Šeleta (Szelet) pagamino vargonų balsų spintą ir dvi klaviatūras (vargonai tuo metu turėjo 27 balsus), 1774 m. drožėjas Antanas Chalkevičius (Chalckiewicz) ant vargonų priklijavo 70 drožinių, o dažytojas Antanas Žyglinskis (Anton Žygłinski) nudažė vargonų prospektą alebastru ir paauksavo. 1775 m. meistras Jonas Chalkevičius (Chalckiewicz) vargonus išvalė ir suremontavo: klijavo vamzdžius, derino registrus ir reguliavo klaviatūras.

1883 m. vargonus iš pagrindų perstatė, t.y., už seno vargonų prospekto pastatė naują instrumentą, Vilniaus vargonų meistras Juozapas Radavičius. 1897 m. instrumentą remontavo ir papildė Latvijos vargonų meistras Emil Martin. Perstatant instrumentą, vargonų spinta buvo ~ 1 metrą atitraukta nuo galinės sienos ir pagilinta, senosios griežyklos anga užsandarinta, o naujoji griežykla – įmontuota pietiniame spintos šone.

Traktūra mechaninė. Oro skirstymo dėžės sklendinės.